В 2099 году Мигель О’Хара получил паучьи способности в результате сорванного эксперимента в лаборатории «Алкемакс», злобной корпорации, которая пыталась создать супер-солдат. Мигель боролся с компанией с тех самых пор, как узнал об их истинных мотивах, пока не застрял в настоящем! Но здесь, «Алкемакс», зловещая корпорация из будущего, только начинает свой путь, и у Мигеля есть шанс остановить ее разложение прежде, чем оно успеет начаться!
Однако Человек-Паук 2099 вскоре узнает, что он не единственный, кто надеется на лучшее завтра. Когда из-за непростого соглашения с «Алкемакс» Мигель оказывается на территории военных действий, ему приходится сражаться за жизнь своего деда… Переживая нападение Скорпиона и появление охотящегося на пауков Морлана, Мигель оказывается на грани столкновения с Паучьими Мирами!
