Альтернативный 20-й век, в котором магия и алхимия идут в ногу с технологическим процессом. В центре сюжета два брата, Эдвард и Альфонс, попытка которых спасти умершую мать с помощью алхимии приводит к ужасным последствиям. У Эдварда не остается иного выбора, как вступить в армию, чтобы попытаться найти способ восстановить искалеченное тело своего брата и свое собственное.
