Действие в фильме происходит одновременно с событиями предыдущего фильма, боевика «Ультиматум Борна». Кеннет Китсон, пройдя обучение для работы в секретном проекте Outcam, одном из подразделов проекта Тредстоун, получает имя Аарон Кросс. С этого момента он — полевой агент, готовый приступить к своим обязанностям. Но в то же время Джейсон Борн разоблачает планы ЦРУ по проекту Блэкбрайар, и ЦРУ решает избавиться от любого упоминания об Ауткаме.
Вместе с доктором Мартой Ширлинг, работавшей над проектом, Аарон становится для них опасным и ненужным свидетелем. Героям фильма предстоит найти способ спастись, прежде чем они станут жертвами убийцы Эрика Бира.
