Действие в киноленте разворачивается в одно время с событиями предыдущей картины, боевика «Ультиматум Борна». Кеннет Китсон, пройдя подготовку для работы в секретном проекте «Ауткам», одном из подразделов проекта «Трэдстоун», получает имя Аарон Кросс. Отныне он — полевой агент, готовый приступить к своим обязанностям. Но в это же время Джейсон Борн разоблачает планы ЦРУ относительно проекта «Блэкбрайар», и в ЦРУ решают избавиться от любых упоминаний об «Ауткаме».
Вместе с доктором Мартой Ширлинг, работавшей над проектом, Аарон становится для них опасным и ненужным свидетелем. Герои картины должны найти способ спастись прежде, чем станут жертвами киллера Эрика Бьера.
