Священная Британская империя, объявила войну Японии. Причиной этому стал многолетний дипломатический конфликт, спровоцированный японской стороной. Для наземной операции Британия впервые использовала свою новейшую разработку — антропоморфные боевые машины, Найтмер Фрейм, противостоять которым японская армия была не в силах. В результате непродолжительной войны Япония потерпела поражение, потеряла суверенитет и была переименована в Зону 11. Британцы отныне являются в стране привилегированным сословием, а коренные жители Японии зовутся «одиннадцатыми» и подвергаются дискриминации. Некоторые из них, именуемые британцами «террористами», собираются в группировки, пытаясь отвоевать родине независимость, но безуспешно.
Семь лет спустя отвергнутый принц Империи Лелуш Ламперуж, сосланный вместе с сестрой Нанналли в Японию за год до войны в качестве политического заложника, случайно попадает в самый центр конфликта между японскими террористами, похитившими ценную для правительства капсулу, и британскими солдатами, получившими задание вернуть похищенное и выявить сообщников. В капсуле Лелуш находит таинственную девушку C. C. и получает от неё особую силу — Гиасс, с помощью которой можно заставить любого человека выполнить какой угодно приказ. Используя эту силу, Лелуш решает отомстить убийцам матери и создать мир, в котором его младшая сестра, неспособная видеть и ходить в результате психологической травмы, полученной при нападении, сможет жить счастливо. Скрыв лицо маской для конспирации и взяв себе кодовое имя «Зеро», юноша становится лидером одной из террористических группировок, формирует из неё мощную организацию под названием «Орден Чёрных Рыцарей» и начинает войну с Британской Империей, в то время как его друг детства, сын бывшего премьер-министра Японии Куруруги Судзаку, сражается на стороне Британии в надежде изменить эту страну изнутри.
