Священная Британская империя объявила войну Японии. Причиной этого стал многолетний дипломатический конфликт, спровоцированный японской стороной. Для наземной операции Великобритания впервые применила свою новейшую разработку — антропоморфные боевые машины Nightmare Frame, которым японская армия не смогла противостоять. В результате непродолжительной войны Япония потерпела поражение, потеряла свой суверенитет и была переименована в Зону 11. Британцы теперь являются привилегированным классом в стране, а коренных жителей Японии называют «одиннадцатью». и подвергаются дискриминации. Некоторые из них, которых британцы называют «террористами», собираются в группы, пытаясь добиться независимости своей родины, но безуспешно.
Семь лет спустя отвергнутый принц Империи Лелуш Ламперуж, сосланный вместе со своей сестрой Нанналли в Японию за год до войны в качестве политического заложника, случайно оказывается в центре конфликта между японскими террористами, укравшими ценную для правительства капсулу, и британскими солдатами, которым поручено вернуть украденное имущество и выявить сообщников. В капсуле Лелуш находит загадочную девушку СиСи. и получает от нее особую силу — Гиас, с помощью которого можно заставить любого человека выполнить любой приказ. Используя эту силу, Лелуш решает отомстить убийцам своей матери и создать мир, в котором его маленькая сестра, неспособная видеть и ходить в результате полученной в результате нападения психологической травмы, сможет жить счастливо. Скрыв лицо маской для секретности и взяв кодовое имя «Зеро», молодой человек становится лидером одной из террористических группировок, сформировав из нее мощную организацию под названием «Орден Черных рыцарей». и начинает войну с Британской империей, в то время как его друг детства, сын бывшего премьер-министра Японии Куруруги Сузаку, сражается за Британию в надежде изменить эту страну изнутри.
