Желание создать совершенное оружие движет военными, которые привлекают ученых для выполнения чрезвычайно сложной задачи — оживить Рипли, умершую в конце предыдущего фильма, чтобы извлечь Королеву Чужих из ее клона. Многочисленные попытки в конечном итоге дают положительный результат — Королева начинает быстро развиваться и откладывать яйца. Но вскоре ситуация выходит из-под контроля учёных — незнакомцы, теперь представляющие собой гибрид — смесь инопланетного и человеческого, вырвитесь на свободу и захватите огромный космический корабль «Ауиригу». На судне объявляется аварийная ситуация, и корабль немедленно включается в заранее запрограммированный автоматический режим — сейчас захваченный монстрами корабль готовится совершить вынужденную посадку на Земле…
