Желание создать совершенное оружие движет военными, которые привлекают ученых для крайне непростого дела — оживить погибшую в конце предыдущей ленты Рипли, с тем, чтобы извлечь из ее клона Королеву Чужих. Многочисленные попытки в конце концов дают положительный результат — Королева начинает быстро развиваться и откладывать яйца. Но ситуация вскоре выходит из-под контроля ученых — чужие, представляющие теперь гибрид — смесь пришельца и человека, вырываются на свободу и захватывают огромный космический корабль «Ауиригу». На корабле объявлена чрезвычайная ситуация, и судно немедленно включает заранее запрограммированный автоматический режим — теперь захваченный монстрами корабль готовится совершить аварийную посадку на Землю…
