С момента событий первого сезона, когда было провалено «Черное восстание» и, как предполагается, погиб Зеро, прошел год. Чтобы не допустить повторения подобного, Британия присвоила «Зоне 11», как названа теперь страна Восходящего Солнца, статус «исправительного режима», позволяющий применять к «одиннадцатым» грубую силу, способную подавить любые мятежные мысли в будущем.
Ничего не подозревающий о своем истинном происхождении старшеклассник Лелуш, забывший о Зеро, однажды встречает таинственную женщину, известную как С. С. Она помогает ему вспомнить то, что было стерто из его памяти, и открывает ему его истинное «я». Теперь Лелуш намерен закончить то, что начал.
