Согласно новостям, в городе были замечены четыре огромные черепахи. Но Черепахи всю ночь просидели дома, и вылезают на поверхность, чтобы все узнать. Этими огромными черепахами оказались черепашки-ниндзя из мультсериала 1987 года. Но они попадают в руки Хана и Пурпурных Драконов. Тогда Черепахи спасают своих братьев. Оказывается, в измерение Черепах 2003 года они попали через портал на технодроме. В качестве мести Хан решает убить Черепах, но, разрушив убежище и похитив Сплинтера, он пропускает восемь Черепах, поскольку они переместились во Вселенную Черепах 1987 года.
Тем временем Шреддер и Крэнг узнают о параллельных вселенных и вызывают Утрома Шреддера Ч'Релла. Он берет ситуацию в свои руки: находит Караи, создает новое тело, модернизирует технодром, подчиняет себе Шреддера и Крэнга. Пока черепахи путешествовали по мирам, Шреддеру удалось уничтожить Вселенную мультсериала 2003 года. Но этого ему мало. Он направляется в оригинальную вселенную Черепашек-ниндзя — Вселенная комиксов студии «Мираж».
