По новостям говорят, что в городе замечены четыре огромных Черепахи. Но Черепашки всю ночь сидели дома, и вылезают на поверхность, чтобы всё выяснить. Этими огромными черепахами оказываются Черепашки-ниндзя из вселенной мультсериала 1987 года. Но они попадают в руки Хану и Пурпурным Драконам. Тогда Черепашки спасают своих собратьев. Оказывается, они попали в измерение Черепах 2003 через портал на технодроме. В качестве мести Хан решает убить Черепашек, но, разрушив убежище и похитив Сплинтера, он упускает восьмерых Черепашек, так как те переместились во Вселенную Черепашек 1987 года.
Тем временем Шреддер и Крэнг узнают о параллельных вселенных и вызывают Шреддера-Утрома Ч`Релла. Тот берёт ситуацию в свои руки: находит Карай, делает новое тело, модернизирует технодром, подчиняет Шреддера и Крэнга. Пока черепашки путешествовали по мирам, Шреддер успел уничтожить Вселенную мультсериала 2003. Но этого ему мало. Он направляется в изначальную Вселенную Черепашек-Ниндзя — Вселленую комиксов студии Mirage.
