Первая часть, Death пересказывает сюжет оригинального сериала «Евангелион». При этом, в отличие от сериала, сцены Death идут не в хронологическом порядке и сгруппированы по отдельным персонажам. Также, Death включает в себя некоторое количество сцен, отсутствовавших в оригинальном сериале, и не связанное с оригинальной историей повествование о том, как за 18 месяцев до событий сериала пилоты репетируют выступление струнного квартета. При этом появление на репетиции очередного пилота предворяет собой начало части, связанной с ним.
Вторая часть, Rebirth, практически полностью совпадает с началом выпущенного позднее фильма The End of Evangelion.
