Первая часть Death пересказывает сюжет оригинальной серии Evangelion. Однако, в отличие от сериала, сцены Смерти расположены не в хронологическом порядке, а сгруппированы по отдельным персонажам. «Смерть» также включает в себя ряд сцен, которых не было в оригинальном сериале, и несвязанную историю о пилотах, репетирующих выступление струнного квартета за 18 месяцев до событий сериала. При этом появление на репетиции следующего пилота предшествует началу связанной с ним части.
Вторая часть, «Возрождение», почти полностью совпадает с началом более позднего фильма «Конец Евангелиона».
