Команда сталкивается с противниками как со стороны людей, которые пытаются истребить мутантов как вид с помощью созданных ими Стражей, так и со стороны мутантов: Магнето, который пытается начать войну между людьми и мутантами, и Апокалипсиса, который стремится перестроить мир в пользу тех, кто наиболее, по его мнению, достоин выживания в нем.
