Команда сталкивается с противниками как со стороны людей, пытающихся истребить мутантов как вид с помощью создаваемых ими Стражей, так и со стороны мутантов: Магнето, пытающегося развязать войну между людьми и мутантами, и Апокалипсиса, стремящегося переустроить мир в пользу наиболее, по его мнению, достойных для выживания в нём.
