Действие фильма происходит через десять лет после битвы за Набу, когда галактика втянута в гражданскую войну. Под предводительством джедая-отступника графа Дуку тысячи солнечных систем угрожают отколоться от Галактической Республики. После покушения на сенатора Падме Амидалу, бывшую королеву Набу, 19-летнему падавану-джедаю Энакину Скайуокеру поручают охранять ее, пока его учитель Оби-Ван Кеноби пытается выяснить, кто заказал убийство. Кеноби преследует убийцу Джанго Фетта и оказывается в самом центре скопления сепаратистских сил. Энакин, Падме и джедаи спешат ему на помощь и вступают в бой с дроидами-сепаратистами. Совет Республики дает канцлеру Палпатину неограниченные полномочия; он отправляет армию клонов сражаться с сепаратистами. Начинаются Войны клонов.
