Действие фильма разворачивается через десять лет после битвы за Набу, когда галактика втягивается в гражданскую войну. Под руководством Джедая-отступника Графа Дуку тысячи солнечных систем угрожают выйти из Галактической Республики. После покушения на сенатора Падме Амидалу, бывшую Королеву Набу, 19-летний Джедай падаван Энакин Скайуокер назначается для её охраны, пока его учитель Оби-Ван Кеноби пытается разгадать, кто является заказчиком убийства. Кеноби преследует убийцу Джанго Фетта и оказывается в самом сердце скопления сепаратистских сил. Энакин, Падме и джедаи спешат ему на помощь и вступают в бой с дроидами сепаратистов. Совет Республики наделяет канцлера Палпатина неограниченными полномочиями, он посылает в бой с сепаратистами армию клонов. Начинаются Войны клонов.
