Часть человечества погибла в результате страшной катастрофы под названием «Второй удар». Едва оправившись от катастрофы, люди теперь вынуждены столкнуться с новой угрозой — загадочные ангелы.
Главный герой фильма — 14-летний Икари Синдзи, чей отец возглавляет секретную организацию Nerv. Когда на обнесенный стеной город Токио 3 внезапно нападает ангел, подросток получает решающий приказ от своего отца — пилотируйте человекоподобного робота Евангелион, который должен стать новым оружием людей в борьбе с ангелами.
