Часть человечества погибла в результате страшной катастрофы, получившей название «Второй удар». С трудом оправившись после бедствия, теперь люди вынуждены столкнуться с новой угрозой — загадочными ангелами.
Главный герой фильма — 14-летний Икари Синдзи, отец которого возглавляет секретную организацию Nerv. Когда город-крепость Токио-3 подвергается внезапному нападению ангела, подросток получает от своего отца ответственный приказ — пилотировать человекоподобного робота Евангелиона, который должен стать новым оружием людей в борьбе с ангелами.
