После ядерной катастрофы, как и многие другие страны, Япония превратилась в пустыню, а выжившие живут в бедности в своих немногочисленных поселениях. «Пустынная Крыса» рассказывает о приключениях наемника по имени Канта Мизуно, получившего прозвище «Отшельник» или «Демон пустыни», якобы за его невероятные подвиги и мастерство, но на самом деле он сам распускает о себе подобные слухи. У него два главных жизненных интереса — работа наемника-одиночки и грудастых красоток. По ходу сюжета он обзаводится учеником и несколькими друзьями, а также наживает врагов.
