Окадзиму Рокуро, маленького японского сотрудника крупной токийской компании, отправили в заграничную командировку для доставки некоего диска. В Южно-Китайском море пираты, нанятые русской мафией, захватывают его корабль, чтобы украсть секретную информацию, содержащуюся на диске. После нападения пираты берут в заложники самого Рокуро в надежде получить за него выкуп от его компании. Но захваченная информация оказывается настолько компрометирующей, что компания решает уничтожить и пиратов, и Окадзиму, чтобы «замести их следы». Чудом выжив, Рокуро решает присоединиться к похитившим его пиратам и становится матросом на миноносец «Чёрная лагуна».
Судно принадлежит небольшой, но известной судоходной компании «Лагуна», которой «иногда приходится нарушать закон». Ее офис расположен в вымышленном городе Роанапра в Таиланде, криминальной столице Юго-Восточной Азии. В городской бухте стоит статуя Будды, а над единственным входом с суши висит петля, чтобы «подвешивать чужаков», пришедших в город не задумываясь. Курьерская служба поддерживает самые тесные связи с могущественной русской мафиозной группировкой «Отель Москва», но готова сотрудничать со всеми, кто предложит достаточную сумму.
