В фильме рассказывается история овдовевшей полевой мыши миссис Брисби, которая пытается найти кого-нибудь, кто поможет ей спасти ее сына Тимоти. Тим болен пневмонией и не может выходить из дома, но если миссис Брисби и ее семья останутся дома, они погибнут под плугом во время весенней пахоты. По совету Большой Совы Брисби обращается к крысам из НИПЗ, сбежавшим из лаборатории, где люди проводили эксперименты по повышению интеллекта крыс.