Фильм повествует историю овдовевшей полевой мыши, миссис Брисби, которая пытается найти кого-то, кто поможет ей спасти её сына Тимоти. Тим болен пневмонией и не может покинуть дом, но если миссис Брисби и её семья останутся на месте, то они погибнут под плугом во время весенней вспашки земли. По совету Большого Филина, Брисби обращается к крысам из NIMH, которые убежали из лаборатории, где люди ставили эксперименты по повышению интеллекта крыс.
