Далекое будущее, 2122 год. Человечество колонизировало практически всю галактику, и технический прогресс сильно развился. Для межпланетной связи используются Галактические железные дороги, по которым путешествуют космические поезда — Галактический экспресс. Для тех, кто не хотел стареть и умирать, были изобретены механические тела — Мехари, — с которым можно было бы жить вечно. Но эти тела очень дороги и позволить себе их могут только богатые, поскольку человечеству так и не удалось достичь классового равенства.
В одном из крупных промышленных городов Мегаполиса среди бедных слоев населения ходят слухи о Галактическом Экспрессе 999, который раз в год отправляется рейсом Земля-Андромеда на планету, где можно бесплатно получить мехатель. Но билеты на этот экспресс очень дорогие. И более того, известно, что в этот поезд в свое время село очень много людей, но совершенно ничего не известно о том, вернулись ли они на нем. Бездомный ребенок Хосино Тетсуро — один из тех, кто мечтает обзавестись механическим телом. Он и его мать собираются переехать в Мегаполис, где попытаются заработать денег на билеты.
