Главная героиня повествования — Харухи Судзумия, ученица первого класса японской старшей школы, возглавившая школьный клуб под названием «Команда SOS» для поиска инопланетян, гостей из будущего, людей из параллельных миров и других необычных существ и явлений. Название клуба — это сокращение от «Команда Харухи Судзумии, от которой Обалдеет этот Скучный мир».
Протагонист — Кён, и от его лица ведётся повествование. Кён перешёл в новую школу и во время первого урока в новом классе заметил эксцентричную девушку, сидящую за соседней партой. Она в своём приветствии сообщила, что её интересуют только инопланетяне, люди из параллельных миров, гости из будущего и экстрасенсы, которых она ищет, и что если таковые есть в этом классе, то она ожидает встречи с ними.
Позднее Кён заинтересовался этой девушкой. Расспрашивая о ней у своих одноклассников, он выяснил, что она практически ни с кем не общается и всех игнорирует. Тем не менее, Кёну удаётся с ней поговорить, и после пары небольших бесед с ним Харухи решает создать кружок «Команда SOS». В дальнейшем в него вступают ещё несколько человек. Далее они сообщают и доказывают Кёну, что не являются обычными людьми, и что в кружке есть инопланетянин, гостья из будущего и экстрасенс. Всех их по тем или иным причинам интересует Харухи.
