Однажды человечество оказалось на грани гибели из-за злого учёного Доктора Хелла и его подземной империи. Кодзи Кабуто, его супер-робот Мазингер Зи и их друзья из Лаборатории фотонной энергии положили конец разрушительным амбициям Ада и вернули человечеству мир.
Прошло 10 лет. Кодзи пошел по стопам своего отца и деда и стал ученым. В процессе своей работы он встречает доселе неизвестную форму жизни, похороненную глубоко под горой Фудзи. Новая встреча, новая угроза и новая судьба ждут человечество, будущее которого вновь доверено Мазингеру З.