На закрытой арктической базе организации NERV происходит чрезвычайное происшествие, в ходе которого пробуждается заключенный в вечную мерзлоту ангел, которого уничтожает ценой разрушения собственного робота «Евангелион» британский пилот Мари Илластриэс Макинами. Оставшись без места дислокации, она переправляется на территорию Японии, где в городе Токио-3 к тому моменту уже было уничтожено четыре ангела.
В это же время в Токио-3 в распоряжение NERV вместе с «Евой-02» из США прибывает Аска Лэнгли Сикинами, которую размещают на постой на квартиру к начальнику оперативного отдела Мисато Кацураги, у которой уже живёт пилот «Евы-01», сын командующего NERV Гэндо Икари — Синдзи, находящийся в плохих отношениях с отцом. По распоряжению руководства Аску переводят на обучение в местную школу, где уже учатся её коллеги — Синдзи и пилот «Евы-00» Рей Аянами.
