На закрытой арктической базе организации NERV происходит ЧП, во время которого пробуждается заточенный в вечной мерзлоте ангел, которого уничтожают ценой уничтожения собственного робота «Евангелион». Британский пилот Мари Илластриус Макинами. Оставшись без места дислокации, она переправляется на территорию Японии, где к тому моменту в городе Токио-3 уже были уничтожены четыре ангела.
В то же время в Токио-3 NERV вместе с Евой-02 находится в распоряжении NERV. Аска Лэнгли Сикинами прибывает из США и селится в квартире у начальника оперативного отдела Мисато Кацураги, с которым уже живет пилот Евы-01, сын командира NERV Гэндо Икари. Синдзи, у которого плохие отношения со своим отцом. По приказу руководства Аску переводят на обучение в местную школу, где уже учатся ее коллеги — Синдзи и пилот Евы-00 Рей Аянами.
