Действие происходит в 24 веке. Человечество колонизирует множество планет. На планете Соло, в галактике Андромеда, группа археологов находит груз с загадочными механизмами, оставленный неизвестной цивилизацией. Эти механизмы могут трансформироваться в меха-роботов Идеонов.
Спустя 6 месяцев люди восстанавливают машины и пытаются активировать роботов. Внезапно появляются представители инопланетной человеческой цивилизации, известной как Бафф. Карала, дочь военачальника Баффа, вместе со своей помощницей Майей приземляется на Соло, корабль Баффа, следящий за ней, теряет Каралу из виду и решает, что на нее напали люди. Итак, баффы объявляют войну человечеству. Молодой парень Космо Юки и его друзья Каша Имхоф и Дек Афта начинают пилотировать три машины Идеон, чтобы защитить человечество. У Баффов также есть цель заполучить машины Идеона, которые они называют «машинами-богами».
