Зоиды — звероподобные боевые машины, которые используются как в быту, например, для перевозки грузов, так и на войне. Существует особый тип зоидов — миниатюрные органоиды, которые по сути являются живыми существами, которые могут сливаться с обычными зоидами, невероятно усиливая последних.
Ван Флайхет обнаруживает Органоид в заброшенной лаборатории, убегая от двух Зоидов, пилотируемых незнакомцами. Там же обнаружен загадочный сосуд, в котором помещена странная девушка. Ван, спасаясь от преследования, разбивает сосуд, освобождая пленницу, и убегает с ней, забрав Органоид. Он, увидев поврежденный зоид, сливается с ним и устраняет неисправность. Ван решает оставить Органоида при себе как друга и называет его Зиком. Спасенную им девушку зовут Фиона, и ей нужно найти некоего зоида по имени Ева.
Итак, Ван, Фиона и Зик отправляются в приключение.
