Сюжет охватывает события Mortal Kombat II, начиная сразу же с окончания турнира в первой игре Mortal Kombat. На острове Шан Цзуна в то время, когда Шан Цзун восседает на троне происходят бои: Соня Блейд против Кано, Джонни Кейдж против Рептилии и Саб-Зиро против Скорпиона.
Турнир заканчивается поражением Шан Цзуна от рук Лю Кана. Но колдуну удаётся сбежать во Внешний Мир, пока Горо отвлекал внимание земных воинов. Во время крушения дворца Лю Кан и Кун Лао проваливаются в бывшее логово Горо — подвал дворца Шан Цзуна, населённый демонами. Победив полчища демонов, монахам удаётся сбежать с острова через портал Райдэна в Академию Ву Ши.
