События игры происходят после окончания Mortal Kombat: Armageddon. Поле битвы усеяно мёртвыми бойцами. На вершине пирамиды остались двое — Шао Кан и Рэйдэн. Император, используя божественные силы Блейза, полученные после победы над ним, легко побеждает Рэйдэна — он швыряет его в сторону, и у Рэйдэна разбивается медальон. Рэйдэн успевает собрать осколки амулета и заложить в них заклинание, в то время как Шао Кан достаёт молот, чтобы нанести финальный удар. Кан ставит Рэйдэна на колени и замахивается молотом, но Рэйдэн, завершив заклинание, посылает сообщение самому себе в прошлое: «Он должен победить!», прежде, чем молот Императора опускается на него.
Сообщение успешно дошло до Рэйдэна в то время, когда начинался первый турнир. Получив его, Рэйдэн оказывается в недоумении, потому что на медальоне появилась трещина. После этого вся сюжетная линия от начала первого турнира идет по совершенно иному пути. Пред Рэйдэном предстают видения, по которым он узнаёт, что произойдёт в будущем, и пытается изменить его.
