Главной героиней ролевой игры 99 Spirits выступает молодая девушка Hanabusa, которая не терпит жестокости, ее окружают только доброта, любовь и нежность. Но когда ее мать была убита злыми духами, ее тихая и спокойная жизнь наполнилась местью. Она начинает настоящую охоту на духов и хочет их уничтожить!
Для того чтобы в игре 99 Spirits отыскать всех духов, девушке нужно отправится в далекое путешествие, ведь духи не хотят покидать землю, а для того чтобы здесь остаться, они вынуждены прятаться от Hanabusa. На своем пути вы встретите множество различных персонажей, как добрых, так и злых, которые захотят вас остановить, потому что находятся в сговоре с духами…
