По сюжету стратегии «Master of Orion 3: Престол Галактики» одному из секторов вселенной было суждено пережить тяжёлые потрясения. Цивилизованные миры, достигнув своего зенита, постепенно потеряли своё могущество. Великие военные действия разворачивались и прекращались, не оставляя за собой следов...
Вселенная в «Master of Orion 3: Престол Галактики» существует по собственному времени, где одна секунда — это бесконечное столетие для мыслящего существа. Но бурное прошлое оставило за собой неразгаданные тайны, хранящиеся в безмолвной тьме.
Наконец в «Master of Orion 3: Престол Галактики» наступил момент для рождения особой цивилизации, которая поднимется из пепла веков и возьмёт всё самое лучшее из всех существовавших ранее империй.
