После событий Восстания Ликвида Оцелота прошло четыре года. Компьютерный вирус FOXALIVE, созданный Наоми Хантер, уничтожил систему «Сыны патриотов», тем самым покончив с «военной экономикой», превратившей войну в прибыльный бизнес. Без сдерживания со стороны ИИ, остатки Частных Военных Компаний подрывают порядок в различных горячих точках планеты. Им противостоят Частные военные охранные компании.
Райден, бывший оперативник FOXHOUND, а ныне наемный кибер-ниндзя, был вынужден присоединиться к одной из ЧВОК, чтобы обеспечить безопасность своей семье.
