В 2176 году предпринимательница Джиен Гарсон основала международный проект «Инициатива Андромеда», цель которого — колонизация скопления Элея в галактике Андромеды, где было обнаружено множество пригодных для жизни планет, и создание сообщения между Андромедой и Млечным Путём. Спустя 9 лет, в 2185 году, в сторону Андромеды был запущен ведущий командный центр «Нексус», укомплектованный представителями пяти рас (людьми, саларианцами, турианцами, азари и кроганами), с целью проложить путь запущенным через некоторое время четырём гигантским ковчегам с погруженными в анабиоз четырьмя расами (все упомянутые расы, кроме кроганов). На каждом из ковчегов находится командир — «Первопроходец», в задачу которого входит найти подходящую для своей расы планету. Спустя 634 года ковчеги прибывают в Андромеду.
Главными героями являются брат и сестра Скотт и Сара Райдеры, отец которых, Алек, является «Первопроходцем» на ковчеге людей — «Гиперионе». В соответствии с инструкциями, Райдеры первыми выходят из анабиоза и обнаруживают, что во-первых, «Гиперион» отклонился от курса и потерял контакт с «Нексусом» и остальными ковчегами, а во-вторых, скопление Элея заполнено некими субстанциями, именуемыми «скверной». Одновременно, из-за того, что «Гиперион» напоролся на «скверну», капсула Сары получает повреждения и она впадает в кому. Положение осложняется тем, что на борту «Гипериона» продолжают оставаться в анабиозе 20 тысяч человек и без поддержки «Нексуса» «Гиперион» не сможет долго поддерживать их жизнеобеспечение. Алек и Скотт отправляются исследовать первую планету…
