В игре «Чужой Космос 2», продолжающей традиции проекта «Чужой Космос», прогрессируя и развиваясь технически, человечество постепенно увеличивало собственное влияние в космосе, но в один день все планы на мир рухнули. На границе галактики был обнаружена вражеская космическая флотилия. Ее целью было совершенное истребление жителей нашей планеты. На сражение с захватчиком были пущены лучшие войска, но это не дало результата.
Противник оказался довольно сильным, и каждая из попыток его уничтожения заканчивалась безрезультатно. Люди в игре «Чужой Космос 2» оказались на краю уничтожения.
Однако выяснилось, что захватчик может быть остановлен и истреблен. Есть сеющее смерть оружие, о котором никому не удавалось догадаться.
