История разворачивается через пять лет после первой Guilty Gear. Сол Бэдгай теперь путешествует в компании воина по имени Син. Тем временем Кай Киске, король Иллирии, узнает, что Механизмы, которые были запечатаны в течение многих лет, стали пропадать из своей темницы. В отчаянии он объявляет Сола в розыск, требуя, чтобы того немедленно доставили в Иллирию. Сол и Син поняли, что это способ Кая позвать на помощь, и отправились в путь, но угодили в засаду странных, похожих на кукол женщин, вооруженных гигантскими гаечными ключами…
