Сюжет Arkham City начинается через полтора года после событий Arkham Asylum. Квинси Шарп, бывший директор психиатрической больницы Аркхем, заработал огромную известность за поимку Джокера и, пользуясь этим, стал мэром Готэма.
Так как Аркхем и тюрьма «Блэкгейт» были не в состоянии содержать заключённых, новый мэр первым своим делом выкупил огромную территорию трущоб Готэма. Он создал там тюрьму под названием «Arkham City», а по периметру этой территории поставил хорошо вооруженный отряд наёмников «ТАЙГЕР», которым был отдан приказ стрелять на поражение при попытке побега. Заключенные, прибывшие в «Аркхэм-Сити» предоставлены сами себе, пока не попытаются сбежать.
Для осуществления надзора за заключенными Шарп нанял на пост надзирателя психиатра Хьюго Стрейнджа. Многие были недовольны таким развитием событий, в том числе и Брюс Уэйн. Бэтмен постоянно присматривает за новой тюрьмой, опасаясь, что всё может выйти из-под контроля.
