Действие игры разворачивается в ближайшем будущем, в постапокалиптическом мире. Безумный учёный Доктор Протон решает захватить мир с помощью своей армии «техботов». Дюк Нюкем нанят ЦРУ для того, чтобы справиться с учёным.
