Игрок управляет компьютерным вирусом, находящимся «внутри» программной части компьютера. Главной целью в Supaplex является сбор «инфотронов» и поиск выхода. Чтобы это сделать, иногда требуется обойти весь уровень, решая на ходу разнообразные головоломки, в которых требуется логическое мышление и реакция, при этом не взорвавшись самому и не создав безвыходных ситуаций (завалены или взорваны инфотроны, завален или взорван выход, в общем случае это необратимое неправильное расположение предметов).
