События игры продолжают сюжетную линию, начатую в «Secret of the Silver Blades». С тех пор прошло уже десять лет. Отряд вернулся в городок Флан, откуда и начиналось путешествие. Дела налаживаются и вроде бы всё хорошо: люди счастливы, город процветает и выглядит практически идеально, однако глубоко в тени притаилось что-то очень злое, грозящее серьёзной опасностью.
