Сюжет охватывает события двадцати пяти лет после предыдущей игры. Шиннок потерпел поражение и был заключен в собственный амулет, однако многие все еще хранят ему верность. В результате заговора и неудачного стечения обстоятельств, Кван Чи похищает амулет и готовится освободить своего хозяина, а войска нового императора Внешнего мира Коталь Кана готовят вторжение в Земное царство. На пути у них стоит только группа спецназа, состоящая из юных героев Земли.
