События Halo Wars 2 разворачиваются спустя 28 лет после событий первой части. Колониальный корабль класса «Феникс», ККОН «Дух Огня», объявленный ККОН «пропавшим со всем экипажем», продолжает свой досветовой полёт по космосу. Оставшийся в живых экипаж судна пробуждается от криогенного сна, когда «Дух Огня» оказывается на орбите Установки 00, которая ранее фигурировала в качестве одного из мест действий в Halo 3. Ведомые своим капитаном, Джеймсом Каттером, силы ККОН на «Духе Огня» сталкиваются с жестокой группировкой наёмников-ковенантов, именующих себя Изгнанниками, во главе которых стоит хитрый военачальник джиралханаев по имени Атриокс. Вступив на заре своего существования в конфликт с Ковенантом, Изгнанники стали могущественной силой после падения гегемонии в 2552 году, захватив контроль над её многочисленными ресурсами.
Основной темой игры является противостояние двух командующих с разным прошлым за право обладания Установкой 00. Экипаж «Духа Огня», пребывавший в криосне с 2531 года, не подозревает о истинной природе Установки 00, и ничего не знает о результате завершившейся войны человечества и Ковенанта. В попытке вернуться домой, капитан Каттер отправляет свои силы на Ковчег, чтобы там отыскать способ воссоединиться с остальным ККОН. Именно в этот момент они сталкиваются с Атриоксом и его Изгнанниками.
