События игры развиваются в 2074 году, когда мегакорпорации свергли мировые правительства и стали контролировать все страны на земле. Invisible, Inc. — частное разведывательное агентство, предоставляющее свои услуги корпорациям, производя проникновения на целевые объекты с использованием полевых агентов и продвинутой системы искусственного интеллекта, известной как Incognita.
К началу игры, дислокация Invisible, Inc. оказывается раскрыта, из-за чего штаб-квартира агентства, а также большинство агентов и активов потеряны. Сбежать удаётся только двум агентам, лидеру компании и системе Incognita. Incognita может существовать только на крайне мощных компьютерных системах и не может выжить без них более 72 часов, поэтому задачей агентства становится использование отведённого времени на подготовку к финальной миссии, чтобы они могли проникнуть во вражескую штаб-квартиру, получить доступ к компьютерной системе и подключить туда Incognita.
