События игры начинаются с исчезновения Императора Милитеси. Из-за отсутствия монарха, руководство приходится принять одному из генералов империи, Сиду Олстину. Боясь, что сила Кристалла Милитес иссякнет, из-за чего империя может пасть перед соседями, Сид объявляет войну трём другим государствам за неимением других вариантов. Первым же делом Сид выводит из борьбы Лориканский Альянс, применив Бомбу Ультимы, а следующим шагом решает осуществить вторжение в Рубрум. Чтобы облегчить себе задачу, Милитес использует новое оружие Магитек — Подавитель Кристалла, тем самым практически обезоружив студентов Перистулума Рубрума.
Ситуацию спасает Класс Ноль — секретный отряд кадетов Перистулума, который может использовать магические способности даже без связи с Кристаллом. Отряд появляется в нужный момент и своими силами отбивает военные силы Империи, тем самым став основным оружием Рубрума.
