Главным героем игры «Сталкер: Чистое небо» является сталкер-наемник по имени Шрам.
Когда случился Большой Выброс, Шрам вёл по зоне группу ученых. Все они погибли, а потерявшего сознание Шрама доставляют к себе на базу сталкеры из секретной группировки «Чистое небо». Когда Шрам приходит в сознание, он понимает, что получил необыкновенные способности. Теперь его основной целью становится предотвращение катастрофы в Зоне, которая, по мнению руководства «Чистого неба», вскоре наступит.
