Действие сюжета происходит после событий Kingdom Hearts coded и служит предысторией к Kingdom Hearts III. Главные герои в данной игре — Сора и Рику.
Сюжет повествует о том, как Сора и Рику сдают экзамен на звание Мастера Ключ-клинка, находясь в Реальности Сна, и готовятся к решающему сражению с Мастером Зеанортом, главным злодеем. Впервые в серии появляются Пожиратели снов — враждебные монстры, некоторых из которых игрок может приручать и заставлять сражаться на своей стороне.
