События происходят спустя 11 лет после окончания сюжетной линии первой части игры. Главная героиня — Алиса — много лет назад покинула стены психиатрической клиники, но до сих пор не может полностью избавиться от последствий той душевной травмы, которую она получила вследствие гибели родителей во время страшного пожара.
Алиса отправляется в Лондон, к опытному психиатру, в надежде, что тот сможет помочь ей избавиться от навязчивых галлюцинаций. Пытаясь разгадать тайну гибели родителей, главная героиня попадает в Зазеркалье.
