Продолжая события Wizardry III: Legacy of Llylgamyn, Heart of the Maelstrom начинается, кjulf подходит к концу период мира, достигнутый благодаря использованию сферы Л’Кбрета, и силы хаоса начинают проникать в мир.
Эти неестественные энергии особенно сосредоточены туннелях под Храмом Мудрецов в Ллилгамине, называемых «Водоворотом». Авантюристы, в том числе группа игроков, приглашены для путешествия в эти пещеры и поиска средства вызова существа, известного как Привратник, которое может снова запечатать хаотические энергии. К сожалению, он был заключен в тюрьму волшебницей-мошенницей, известной как Сорн.
