Действие игры происходит после событий Yakuza 4. Главный герой серии, Кадзума Кирю, стал водителем такси в городе Фукуока. Тайга Саэдзима отбывает 3 года тюремного заключения в Хоккайдо из-за побега из тюрьмы. Сюн Акияма уезжает в Осаку в командировку. Харука Савамура покидает детский дом на Окинаве и в настоящее время живёт в Осаке и хочет стать поп-идолом. В настоящее время она живёт отдельно от Кирю и пробует развивать талант в пении и танцах. Новый персонаж игры, Тацуо Синада, является бывшим игроком в бейсбол, который был приговорён к пожизненному запрету за азартные игры.
В 2010 году было подписано соглашение о прекращении огня между двумя кланами якудза: Тодзё и Уэно Сэйва, что положило конец истории о заговоре со стороны полиции после событий Yakuza 4. В клане Тодзё прошла серьёзная реорганизация под руководством 6-го председателя Дайго Додзимы. Кроме того, был сформировано соглашение с альянсом Оми. Однако через два года, в декабре 2012 года, 7-й председатель альянса Оми оказывается на смертном одре. Смерть 7-го председателя означала разрыв перемирия между кланом Тодзё и альянсом Оми. Началась война. Для того, чтобы укрепить клан Тодзё, Дайго Додзима хочет создать новый альянс с кланами по всей стране.
