В далёком прошлом многие расы Хайрула жили вместе в гармонии, синяя аура Шиика обеспечивала жизнь земле, и все извлекали выгоду из передовых технологий Шиика. Но всему пришёл конец, когда появилось чудовище, более известное как Бедствие Ганон.
10 000 лет спустя, вернувшись в средневековье, царство Хайрул заново открыло древнюю технологию, оставленную их предками, посредством раскопок. Прочитав пророчества, которые оставили их предки, они узнали, что Бедствие Ганон вернётся, и что Хайрулу потребуются механические Стражи и Чудища чтобы остановить его.
В настоящем, 100 лет спустя, потерявший память Линк пробуждается от глубокого сна, услышав таинственный женский голос, который ведёт его к ныне разрушенному королевству Хайрул. Он встречает мудреца и узнаёт, что Бедствие Ганон был запечатан в замке Хайрул на сто лет. Несмотря на то, что он оказался в ловушке, Бедствие Ганон продолжает набирать силу, и Линк должен победить его, прежде чем он освободится и разрушит мир.
