Действие игры происходит в Европе и России во время Второй мировой войны. Отряд коммандос союзников выполняет различные задания на занятой немецкими войсками территории.
В отличие от предыдущих игр серии, в Commandos: Strike Force в отряде осталось только три человека: Зелёный берет, Шпион и Снайпер. Каждый обладает уникальным набором умений, позволяющим выполнять задания различными способами.
