Действие Perfect Dark разворачивается в 2023 году на фоне межзвездной войны между двумя инопланетными расами: майанцами и скедарами. На Земле тем временем продолжается соперничество между двумя компаниями: Институтом Кэррингтона, который тайно управляет шпионской группой в союзе с майанцами и dataDyne, корпорация оборонного подрядчика, возглавляемая Кассандрой де Врис. В обмен на создание ИИ со способностями к взлому кода для доступа к древнему инопланетному космическому кораблю на дне Тихого океана скедары соглашаются предоставить DataDyne достаточное количество инопланетных технологий, чтобы стать крупнейшей корпорацией на Земле.
Джоанна Дарк — агента Института Кэррингтона, чьи отличные результаты на тренировках принесли ей кодовое имя «Идеальная темнота». Во время своей первой миссии ее отправляют забрать перебежчика, известного как доктор Кэролл, из лаборатории dataDyne.
