Спустя три года после событий оригинального Metal Gear, FOXHOUND узнаёт, что одна враждебная страна из Среднего Востока возможно получила в своё распоряжение чертежи Metal Gear и тайно конструируют новую модель.
Лейтенант Солид Снейк, оперативник FOXHOUND, который несёт ответственность за уничтожение Metal Gear, получает приказ провести группу из трёх человек к вражеской базе, включая его самого и двух напарников: Джона Тернера — бывшего агента Военно-морской разведки и профессионала в области скрытого проникновения — и Ника Майера, эксперта по оружию и взрывчатке, бывшего солдата Морской пехоты.
