Perfect Dark Zero перемещает нас в 2020 год, когда большая часть мира контролируется корпорациями. Самыми заметными из этих корпораций являются dataDyne, возглавляемые Чжан Ли и Институт Каррингтона во главе с Дэниелом Каррингтоном. Игрок управляет Джоанной Дарк, охотницей за головами, работающий с отцом Джеком Дарком и компьютерным хакером Чандрой Сехар.
