События Brood War происходят в XXVI веке. В отдалённой от Земли области Млечного Пути — секторе Копрулу — существовало межзвездное государство терранов (потомков людей Земли, сосланных с родной планеты за различные преступления) — Конфедерация. Сюжет оригинального StarCraft повествует о войне между протоссами и зергами, в которую оказались втянуты и терраны. Война окончилась гибелью повелителя зергов Сверхразума на родной планете протоссов Айуре.
Спустя два дня после окончания StarCraft начинаются события Brood War. Без Сверхразума власть над зергами досталась нескольким церебралам, решившим восстановить власть над всем Роем. После открытия существования инопланетной жизни в секторе Копрулу, Объединенный Земной Директорат решает отправить туда экспедиционный корпус для устранения потенциальной угрозы Земле.
