Front Mission 4 состоит из двух больших сценариев, события которых разворачиваются параллельно друг с другом в 2096 году.
Первый сценарий описывает события вокруг Эльзы Элэйн, солдата армии Европейского Содружества, она служит в составе исследовательских тактических войск под названием «Дюрандаль», расследующих нападение неизвестных агрессоров на военные базы Германии.
Затем повествование переключается на сержанта армии UCS Дэррила Траубела и двух его сослуживцев, Билли Рэнджеса и Филлипа Чеффера, которые, находясь в Венесуэле, случайно стали обладателями 25 млн долларов и решили дезертировать.
