Игра начинается с поединка между двумя студентами сада Баламб Скволлом и Сайфером, обычная спарринг-тренировка оборачивается яростным боем, в пылу сражения заклятые соперники ранят друг друга и попадают в лазарет.
Обоим в скором времени предстоит пройти последний экзамен, тяжёлое испытание, после которого они смогут получить звание SeeD, стать частью элитного подразделения академии. Тем временем поступает заказ от небольшого герцогства Доллет, просьба защитить их от вторжения милитаристского государства Галбадия.
