Действие игры происходит в альтернативной Америке 1961 года, где во второй мировой войне победили нацисты.
В ходе битвы с Вильгельмом «Черепом» Штрассе в конце предыдущей игры, главный герой Уильям Бласковиц, получив критические ранения, в полумёртвом состоянии отдаёт разрешение на ядерный удар по крепости Черепа. Однако прежде, чем это сделать, его товарищи находят тело Бласковица и эвакуируют его на «Молот Евы» — крупнейшую в мире подводную лодку, угнанную у нацистов в первой части игры, которая отныне стала главной базой Сопротивления.
